中央研究院的預算日前遭到立法院凍結，李遠哲院長表示，如果這種科技預算遭到刪除之事一再出現，到最後國內的科技發展，很可能連日本、韓國都趕不上，因此他主張仿效國外做法，把所有的民間科技團體結合起來，成立一個強大的民間科技社群，在科技經費遭到刪除時得以據理力爭，一起為國家未來的科技發展來努力。

李遠哲本週一(15日)參加第六屆全國科學技術會議，在「國家科技發展總目標、策略與資源規劃」的議題上對於國內的科技預算遭到刪除或凍結的情況發表看法。此外，李遠哲表示，國家科技發展必需要擬定出重點方向，然後全力發展，全國科學技術會議的召開，就是應該要訂出國家科技發展的大政方針。他認為未來有三個重要的科技領域是值得投入發展的，包括資訊科技、生物科技、燃料電池等，國內相關人士應共同討論，形成發展共識與策略，而不能漫無目的的各行其事，那是無法將台灣帶到世界的前端。