繼水電供應疑慮風波之後，南科建設進度又因內政部拒絕核准南科的建館審查授權案而再度受阻。國科會南科開發籌備處、內政部營建署、研考會於日前(18日)召開「研商指定南科籌備處為南科園區主管建築機關會議」，該次協商由營建署副署長劉慶男和園區籌備處主任戴謙共同主持。會中南科籌備處提案，希望能夠比照新竹園區模式，由營建署直接授權園區開發單位進行區內相關建管案件的審查，以減少進駐高科技廠家投資設廠公文作業的時間流程。

然而，18日的協商會在經過長達2個多個小時的討論之後，營建署方面並沒有同意授權，其所持的理由是「無法確定南科開發籌備處是否為合法正式單位」。關鍵在於，部份與會者認為必須等到籌備處升格為管理局後，才算所謂的「正式單位」然同是中央部會的勞委會卻不認同，更已授權籌備處進行園區廠家勞工檢查相關業務。而面對驚傳失利的授權案風波，已經引發園區進駐業者高度不滿和關注；業者表示，行政效率低落一向就是影響廠家在台投資的關鍵問題，倘若政府相關單位再不設法改善，南科的建設之路將會坎坷而漫長。