針對經營不善的企業，新竹科學園區管理局加強清查園區廠商，目前已成功撤銷18件投資案，已納入撤銷程序的大王電子、偉大科技，均因經營策略改變，主動表達自願撤出竹科。大王電子要求半年期限內，進行自建廠房處理作業。據了解，如以此標準來檢視現有的園區廠商，將有多達四分之一的廠商未達到此標準。

竹科管理局清查的對象，一是進駐園區6年仍未能達到投資營運計畫書的目標者，二是研發營收比重未達全國製造業的平均二倍以上者，皆被列入觀察名單。竹科管理局表示，過去撤銷投資案件頂多只有五、六件，今年管理局加強清查作業下，目前已撤銷（包括主動申請出區者）18件投資案，其中五家未完成投資計畫的廠商：利訊、英銳、弘一、宇汎、依頓等，則共計被沒入644萬元保證金。

根據管理局資料統計，園區內廠商的平均研發營收比為4.9％，以半導體產業為高研發比重的公司，平均可達到10％左右，而一些電腦週邊、精密機械等產業，其研發比重就在平均以下。