南科人力嚴重短缺的情形，預料將在5年之內出現。目前台南科學園區量產廠商有13家，從業人員約5600人，以現在的情形來看，對於園區周邊企業的人力影響還不明顯。然而廠商卻表示，五年內由於廠商逐漸增加及部分廠商進入量產階段之後，人力供給的斷層面將一一浮現，特別是在電子及電機工程方面的人員，尤其嚴重。對於傳統產業的人才供給也將產生無可避免的排擠作用。

目前，有非常多的人希望在南科尋找到適當的就業機會，特別是有地緣關係的人才。因此，對於南科來說，其所可利用之人力資源其實相當豐富，然而南科開發籌備處卻也表示，因為南科廠商逐漸增加，動輒1000人以上的大廠紛紛開始進入量產階段；預估包括從其他產業吸收和由北部轉調南部的人才，會在短短幾年之間就到達一個飽和點，屆時人力短缺的問題就會出現。

除此之外，園區內廠商與廠商彼此之間的挖角、跳槽問題也是一大關鍵。同屬南科園區內的廠商，也會因為公司的待遇、福利和配股的不同，形成一種競爭的局面。有鑑於此，為避免可預見的人才短缺問題，最適當的辦法就是公司對於員工的早期篩選與長期培訓，才是真正可以解決人力斷層問題的最佳方法。