安全性問題以及高昂的成本有可能減緩RFID技術的普及速度。最近在倫敦召開的有關RFID無線標簽的討論會，提到RFID在發展過程還存在若干問題，若未能及早解決將成為發展瓶頸。

RFID的應用領域甚廣，不僅可以幫助貨運公司跟蹤貨物的運輸情況，從螢幕上察看貨物的運輸地點和車輛速度，如果貨物是食品，還可以跟蹤食品的保鮮程度。在大型服裝公司RFID則被用來管理上市的服裝產品，以及跟蹤那些尺碼特殊的服裝。在德國的一個圖書館，RFID可以同時處理五本圖書的借出或返還記錄，使得圖書館在處理借閱方面減少了85%的人力。

RFID技術隨著日益廣泛的運用，對物流業的影響甚鉅，然而，對於消費者來說卻是另一種隱憂。對於業者、廠商來說，RFID除了在產品管理上節省成本，由於RFID可藉由RFID讀取器取得產品所在位置資訊，對於消費者的購買資訊與消費行為能夠掌握到更多，然而這樣對於消費者的隱私權卻有侵犯的疑慮；有些人認為，未來RFID可被偵測的範圍愈大，企業或政府可能藉此技術追蹤人們的行蹤等等。日前美國還為此產生了一個消費者反超市侵犯隱私的組織（Consumers Against Supermarket Privacy Invasion and Numbering；CASPIAN），督促政府修正聯邦法案以規範RFID技術的應用，甚至號召消費者抵制使用RFID技術的品牌。

市調機構Gartner預測，到2010年全球用於RFID的支出高達30億美元。不過，德國的一個大型百貨公司的IT經理表示，RFID標簽至少還需要15年，才能在其公司旗下2300個分店以及很多私人商品中超越目前所使用的條碼追蹤方式。而RFID的成本必須下降到0.01歐元，才能夠完全取代條碼。基本上，成本問題在RFID大量使用之後，就可以獲得解決，但是安全性的一路目前為止卻還找不到可以順利解決的方法或規範。

另外，美國政府打算把這項技術用於其護照的主張，也引發不小的反對聲浪，不僅遭到隱私權保護團體的大聲撻伐，且在政府部門回收的意見調查中竟有高達98％的民眾因為擔心安全和隱私而反對RFID護照計畫。反對的主要原因都在於，可以遠端掃瞄的RFID晶片就像個隱藏式的天線，用於儲存身分與居住資料原意是防止盜用，但其可以遠端掃瞄的機制卻增加資料被竊的危險性，甚至被竊者根本無從發現自己的身分資料何時被移作他用。

根據Salton的報告，沃爾瑪在全美的供應鏈實現了RFID後，成本降低了大約3%～5%。不過當今年9月份歐盟對RFID的正式文件下達後，群眾對於隱私和安全性的擔憂更深。歐盟資訊委員會認為RFID是「大範圍推展生產力的新浪潮」。當然，在RFID在沒有被廣泛採用之前，它在安全性和隱私性上存在的問題應該得到及時有效的解決。