交通部電信總局修正「電信事業處理有關機關查詢電信紀錄實施辦法」，除雙向通信紀錄查詢價格降價為每門號每日新台幣120元之外，配合推行電子化政府、提昇效率，也明定在雙方認證下，以電子郵件本身得視為公文正本。

電總指出，軍法機關已採地區制，獨立運作，並採審檢分立，且「通訊保障及監察法」第三十二條、毒品危害防制條例第三條均將軍法機關納入適用範圍。為避免發生電信事業受理單位有所疑義，於第一項軍事檢察官納入緊急查詢範圍。

為避免檢警調單位以辦案為由，浮濫掉通訊紀錄，浪費電信業者資源，電總於修正條文採「使用者付費」原則，擬刪除第九條「法官、檢察官或監察院依法查詢電信使用者資料者，查詢費用予減收或免收」等文字，不過，因衝擊過大，仍維持原案，還因應軍法新制，新增軍事審判官和軍事檢察官2類別。