軟體是智慧工廠不可忽視的要點，就技術面來看，在資訊快速流通的態勢下，廠商彼此間的硬體技術水準已相去不遠，因此幾乎所有廠商都認為，未來的製造系統市場，硬體已經成為基本條件，競爭條件在於軟體，不過即便供應商有此體認，使用端的台灣製造業對軟體仍然持續忽視，就實際應用面來看，自動化軟體所需的專業技術不盡相同，再加上自動化資訊不像消費性電子產業般，資訊豐富且透明，因此多數企業對其了解並不深，獲得資訊的管道除了同業間耳聞的成功案例外，就只有導入前軟體廠商的介紹，然而自動化架構龐大、價格昂貴，如果未在導入前有深入了解，將有可能被軟體廠商牽著鼻子走，當實際運作時發現解決不了問題，屆時騎虎難下，將反受其害。

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自動化系統所費不貲，從底層的SCADA到最上層的ERP，每套系統成本都相當高昂，花了大錢導入系統的企業主，多半會認為系統建置完成後，不必怎麼去管理便會自動運作，不過多半企業主都有此心態，而且會認為只要系統一導入，便可立即看到驚人改變，過去的弊病將馬上一掃而空，其實自動化製造軟體只是企業經營的輔助工具之一，還是要配合管理策略才能奏效，依一般業界的建置經驗，一套系統為企業所帶來的績效，至少需要6個月才能見其功效。

目前自動化廠商所提供的自動化系統基本功能包括生產追蹤、品質管理、機台保修、物料控管、報表製作、警示管理等，這些功能絕大部分都只是提供製造現場的各項數據，企業主與廠管人員可以藉此數據作為管理時的參考，提升廠管品質，而不是只要導入後，就奢望能一舉解決所有問題，舉例來說，載具管理系統會產生每一載具上的產品資料，若資料顯示出該載具所承載的產品一直有瑕疵，那就表示可能該載具污損，或負責載具的作業員在作業上有瑕疵，廠管人員在接收到資訊後必須前往了解、解決問題，而不是只要導入載具管理系統，該載具就不會再出問題。

因此企業導入自動化系統後，還必須配合管理策略來處理系統所產生的數據，而這又牽涉到另一個問題，一套自動化系統的導入，所帶來的影響是生產線全面，不僅侷限於部分，生產線的所有管理人員都必須要改變心態，企業主也必須要有貫徹的決心，否則基層人員在「多一事不如少一事」的心態下，自動化系統便只能發揮部分效能。

在全體廠管人員的貫徹下，自動化系統才能發揮綜效，導入企業可以從自動化製造軟體廠商所提供的幾個關鍵績效指標(KPI)來評估導入績效，例如良率、產量、產出時間等，都可由此看到導入前後的差異，這些績效在導入一段時間後就可經由自動化系統所提供的數據算出，不過初期指標所採集的樣本資料少，誤差也會較大，因此企業自動化系統的績效評估最好經過半年，數據採集樣本夠大，績效數值才會穩定而有參考價值。