Red Hat最新版Fedora Core 2出現無法與Windows相容的問題，這問題在測試時就已經存在，但自上(5)月正式發表Fedora Core 2後，有更多的使用者反應，在安裝好Linux更新之後，就無法啟動裝在同一台電腦上的Windows。

據cnet消息指出，由於Windows裡的資料完全未受損害，而且手動重新設定好硬碟組態之後可以解決該問題，因此Red Hat回應認為問題並不嚴重，但該公司也正著手要出版修復檔來解決這問題，以解決使用者的煩惱。該公司工程師指出問題顯然和電腦對於硬碟機實體配置（layout）的描述有關，也就是硬碟的分割表。

由於Fedora Core是玩家及開發者的免費Linux版本，該公司對於Fedora穩定上的問題直言無諱，網站上明白聲明表示：「Fedora Project不在紅帽的技術支援內。」因此使用者只能供該公司參考，Red Hat並不需負什麼責任。

Fedora Core的設計是為了要滿足一些人對最新軟體的胃口，同時Red Hat也可藉此改進並加速這款作業系統在商用電腦上的採用。在Red Hat採取收費策略後，該公司軟體只剩Fedora Core 2可免費取得，而Enterprise Linux每年的技術支援費用受費在349至18000美元之間。