據大陸媒體報導指出，Windows Server 2003作業系統備份的文件，在舊有版本的Windows中無法讀取。微軟上個月於總部發佈Windows Server 2003時，即強調其在跨平臺操作的優越性，如今在自身平台上出現不相容的問題，業界認為將使微軟“蒙羞”。

據報導，不相容問題是應用方案提供商Terabyte電腦公司於4月下旬最早發現的，隨後多家國外媒體報導了這項消息。日前微軟總部承認了這個問題的嚴重性，並調查出問題原因，指出Windows Server 2003的備份程式使用的是64KB，而以前版本的作業系統Windows XP Pro和Window 2000，以及Windows NT4中的備份程式使用的是32KB。

業界人士指出，微軟在跨平台開發工具方面一直受制於人，很多專業人士使用大型系統時，為顧及系統安全性而選擇了UNIX或Linux系統。而Windows Server 2003最大的突破是支援了XML，在Windows Server 2003推出前後，微軟特別強調了此產品在跨平台操作的優越性。如今發生產品不相容問題，可能會讓使用者對Windows Server 2003產生疑慮。

中國微軟表示，在5月22日正式發佈Windows Server 2003簡體中文版之前，微軟已經在中國展開大規模的教育與培訓工作，目前有超過三千個合作廠商人員接受新作業系統的培訓，並邀請了許多國內外知名軟硬體廠商參與相關的相容測試計劃。目前大陸所有用戶和合作夥伴並沒有發現此問題，推斷只有在使用某項特殊功能時才可能發生，因此並非系統出現問題，一切都要等微軟進一步的測試工作完成後才能有定論。