一項由南亞科技等科學園區外廠商所推動，修改現行「促建產業升級條例」，促使政府給予園區內外重要策略性產業同等租稅條件的提案，已由立法院委員連署完成並已付委；此案通過與否對於南亞科技與外商Infineon的合作，將有決定成敗的關鍵性影響。

現行促產條例中明定，科學園區內廠商可免關稅、營業稅，但園區外廠商卻無法獲得同等優惠，而「促進產業升級條例九條之二」條例草案的立法目的，即是為弭平租稅差異，增加高科技廠商的投資意願；草案中訂定，園區外科學工業的公司，自國外輸入自用的機器、設備、原料、物料，免徵進口稅及營業稅，亦訂出了五年內不得轉移使用權的期限，但移轉給科學園區、加工出口區及其他科學工業公司則不在此限。

此項立法草案的幕後推手南亞科技，目前正進行與歐洲第一大半導體製造廠英飛凌（Infineon）採共同開發新製程技術的合作案，已於五月初簽訂備忘錄，但卻傳出科學園區內外租稅條件不一致，可能影響雙方未來簽約，而有提案修法的急迫需要。

南亞科技計畫在科學園區外的林口華亞園區，投資兩千億興建兩座十二吋晶圓製造廠，由於無法享受園區廠商的租稅優惠，其中若以一千八百億元購置機器設備，進口關稅就約七十二億元，還需每年負擔約九億一千萬元的營業稅及滯押利息，以及每年三億元的原物料關稅負擔。

其他業者也反映，相同的半導體產業在園區內外有嚴重租稅差異，將影響廠商的國際競爭力，也會降低國外廠商來台投資的意願，政府必須儘速排除這些因租稅不公帶來的投資障礙。