安全性问题以及高昂的成本有可能减缓RFID技术的普及速度。最近在伦敦召开的有关RFID无线标签的讨论会，提到RFID在发展过程还存在若干问题，若未能及早解决将成为发展瓶颈。

RFID的应用领域甚广，不仅可以帮助货运公司跟踪货物的运输情况，从屏幕上察看货物的运输地点和车辆速度，如果货物是食品，还可以跟踪食品的保鲜程度。在大型服装公司RFID则被用来管理上市的服装产品，以及跟踪那些尺码特殊的服装。在德国的一个图书馆，RFID可以同时处理五本图书的借出或返还记录，使得图书馆在处理借阅方面减少了85%的人力。

RFID技术随着日益广泛的运用，对物流业的影响甚巨，然而，对于消费者来说却是另一种隐忧。对于业者、厂商来说，RFID除了在产品管理上节省成本，由于RFID可藉由RFID读取器取得产品所在位置信息，对于消费者的购买信息与消费行为能够掌握到更多，然而这样对于消费者的隐私权却有侵犯的疑虑；有些人认为，未来RFID可被侦测的范围愈大，企业或政府可能藉此技术追踪人们的行踪等等。日前美国还为此产生了一个消费者反超市侵犯隐私的组织（Consumers Against Supermarket Privacy Invasion and Numbering；CASPIAN），督促政府修正联邦法案以规范RFID技术的应用，甚至号召消费者抵制使用RFID技术的品牌。

市调机构Gartner预测，到2010年全球用于RFID的支出高达30亿美元。不过，德国的一个大型百货公司的IT经理表示，RFID标签至少还需要15年，才能在其公司旗下2300个分店以及很多私人商品中超越目前所使用的条形码追踪方式。而RFID的成本必须下降到0.01欧元，才能够完全取代条形码。基本上，成本问题在RFID大量使用之后，就可以获得解决，但是安全性的一路目前为止却还找不到可以顺利解决的方法或规范。

另外，美国政府打算把这项技术用于其护照的主张，也引发不小的反对声浪，不仅遭到隐私权保护团体的大声挞伐，且在政府部门回收的意见调查中竟有高达98％的民众因为担心安全和隐私而反对RFID护照计划。反对的主要原因都在于，可以远程扫瞄的RFID芯片就像个隐藏式的天线，用于储存身分与居住数据原意是防止盗用，但其可以远程扫瞄的机制却增加数据被窃的危险性，甚至被窃者根本无从发现自己的身分数据何时被移作他用。

根据Salton的报告，沃尔玛在全美的供应链实现了RFID后，成本降低了大约3%～5%。不过当今年9月份欧盟对RFID的正式文件下达后，群众对于隐私和安全性的担忧更深。欧盟信息委员会认为RFID是「大范围推展生产力的新浪潮」。当然，在RFID在没有被广泛采用之前，它在安全性和隐私性上存在的问题应该得到及时有效的解决。