达碁合并联友光电，所衍生合并租税论战，经济部14日会商，同意依「租税优惠孰优」原则办理；此企业合并最后阶段所衍生的5%营业税，经济部也主张免征。

目前科学园区内合并区外，区外合并区外及区内合并区内企业税税争议不大，但区外合并区内因区内企业消减，能否续享竹科优惠，争议较大。

则经相关部会目前已完成研修「促进产业升级条例」有关企业合并责税优惠等相关法令，因合并而产生的费用得于十年内摊提，因合并出售不良债权所受的损失，也得于15年内认列损失。

另收购五成股权，将免征印花税，证交税是否免征，则经两部尚未达成共识；此外，合并所衍生的营业税，也同意免税。