针对经营不善的企业，新竹科学园区管理局加强清查园区厂商，目前已成功撤销18件投资案，已纳入撤销程序的大王电子、伟大科技，均因经营策略改变，主动表达自愿撤出竹科。大王电子要求半年期限内，进行自建厂房处理作业。据了解，如以此标准来检视现有的园区厂商，将有多达四分之一的厂商未达到此标准。

竹科管理局清查的对象，一是进驻园区6年仍未能达到投资营运计画书的目标者，二是研发营收比重未达全国制造业的平均二倍以上者，皆被列入观察名单。竹科管理局表示，过去撤销投资案件顶多只有五、六件，今年管理局加强清查作业下，目前已撤销（包括主动申请出区者）18件投资案，其中五家未完成投资计画的厂商：利讯、英锐、弘一、宇泛、依顿等，则共计被没入644万元保证金。

根据管理局资料统计，园区内厂商的平均研发营收比为4.9％，以半导体产业为高研发比重的公司，平均可达到10％左右，而一些电脑周边、精密机械等产业，其研发比重就在平均以下。