中央研究院院长李远哲在四年一次的全国科学技术会议中，再度对政府的执行效能提出抨击，认为以每年政府愿景与执行的差距看来，若无法真正落实，愿景永远都只是愿景。

另外，针对国科会检讨上届目标执行状况，李远哲认为国科会「报喜不报忧」。李远哲明白指出，国家科技发展的一大隐忧在于对科技研究水平的提升不够重视，现在国内的技术主要仍依赖国外，主要原因一方面是科研成果与技术发展并没有结合得很好，使得国内大企业都优先选择国外有技术的公司或学校合作；另外一点则是，政府对于研发经费的编列不足。

李远哲批评表示，目前政府编列的研发经费与与韩国、日本、新加坡等相较之下落后甚多，这几个竞争国家目前都达到研发占GDP 3％，而我们的研发占GDP比例只有2.08％，而且动辄遭立法院的删减。因此，他希望，政府应该重新修正十年后研发占GDP要达到3％的目标，而希望在2005年就达到这个目标。在修正比例的同时，李远哲也表示，每年政府与民间的总体研发经费也应该增加一三％，否则根本赶不上。

李远哲也举低温超导体大师朱经武选择了香港科技大学担任校长为例，认为我国若没有足够的经费和环境，想要引进高科技人才，那只是缘木求鱼。但这个例子也让我们看出，李远哲这样的人才仍愿意选择回国，对于国家正面发展的殷切之心可以理解，无私的奉献之心更值得尊敬。