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AWS助力科学家发现13万种RNA病毒
 

【CTIMES / SMARTAUTO ABC_1 报导】    2022年03月09日 星期三

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防范全球传染病大爆发再添利器,Amazon Web Services(AWS)宣布近期与加拿大哥伦比亚大学云端创新中心(UBC CIC)合作,以AWS云端科技为基础建构的超级运算平台,助力国际科学团队在短短11天内搜集了近600万份公开可用的生物样本,成功辨识超过13万种新型RNA病毒,其中包括9种新型冠状病毒。若使用一台传统电脑,需要2000年才能完成。该专案实现RNA病毒研究的另一创举,透过辨识并溯源新型病毒,能够让科学家们在病毒感染人、动物、农作物和濒危物种前,提早防范对策。

AWS助力科学家发现13万种RNA病毒,防堵全球传染病爆发
AWS助力科学家发现13万种RNA病毒,防堵全球传染病爆发

在AWS的帮助下,UBC CIC团队和全球计算生物学家发起开放病毒专案The Open Virome,并建立开放性病毒侦测云端运算平台Serratus。目前该研究成果创建公开病毒资料库,向全球科学界分享研究成果,帮助加速对RNA病毒的研究。由RNA病毒引起的疾病包含流行性感冒、严重急性呼吸道症候群(SARS)、新冠肺炎、C型肝炎、伊波拉病毒和麻疹等。由於RNA病毒繁殖和进化速度快,在此之前,科学家们经过几十年的资料分析,只发现了1.5万种病毒。而在使用AWS的基础架构和服务後,The Open Virome专案团队在发现新病毒方面,已为科学界节省了数百万美元和长达数年的时间。

基於AWS服务所取得的研究成果,彻底改变了生物资讯学的研究方式。病毒的辨识和研究需要分析海量的基因定序数据,其中包括数十万种未知病毒的DNA和RNA。基因组学的资料量每天都以倍速增长,造成病毒定序资料库的总量庞大,依靠传统运算方式根本无法对其进行全面分析或处理。

The Open Virome专案的研究人员仅用8周的时间,顺利地运用AWS的云端科技建构功能强大的超级运算平台。借助其优异且弹性的运算能力,快速处理数百万GB的资料,并获得显着成本效益。该团队运用Amazon Simple Storage Service(Amazon S3)中镜像出病毒基因定序资料库SRA,而後使用AWS弹性运算云端执行个体Amazon Elastic Compute Cloud(Amazon EC2)来分析资料集。

在短短11天内,该团队处理高达570万个定序资料集,仅花费2.4万美元,并发现了13万个新型RNA病毒。奠基於AWS云端科技打造的Serratus平台,研究人员相信他们既能辨识潜在的有害新病毒,又能提醒科学家注意新冠肺炎病毒SARS-CoV-2 virus的潜在突变成因,帮助改善诊断测试和疫苗开发,为医疗政策决策者提供更有效的指引。

AWS强大的运算和机器学习服务确保科学家能将更多时间和资源应用於科学研究,快速执行工作,强大的运算能力且弹性的定价带来高性价比,同时遍布全球的基础设施和统一架构,以及托管超过40个开放的生命科学和基因组资料集,实现在全球展开安全的研究协作。

關鍵字: AWS 
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